基金预算支出怎么支出？
先放结论，基金财政支出，无特殊情况下应该全部按部门预算支出，特殊情况要单独说明理由。 《中华人民共和国预算法》第四章第三十七条规定“基金预算的资金支付应当按照规定程序办理” 此处规定的很模糊，什么叫做按照规定程序办理呢？ 根据财政部2004年5月19日发布的《基金会财务制度》（财会字〔2004〕163号）第二章第八节第四十二条的规定 可以看出，当年对于基金会这样的非盈利组织，财政资金支出的手续还是相当繁复的。
近年来，随着国家对社会组织发展支持力度的增加，尤其是通过政府购买服务的方式支持社会组织的发展，许多地方和部门开始探索出台对社会组织财政支持的管理办法和流程，但是总体来看，由于财政支出监督力度不到位、缺乏有效追究机制，存在一定随意性，影响了资金的使用效益。 对社会组织的财政资金支持与管理，一般按照“双随机一公开”的原则进行监督检查与绩效评价。
在财政部公布的部分省份会计师事务所对政府部门会计信息质量检查中，也存在财政部门对社会组织财政支出的审计问题，只不过审计的对象主要针对具体的项目，而不是对部门预算的执行情况做出整体评价。