根据《中华人民共和国公司法》第二十条的规定，股东应当足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。股东以货币出资的，应当将款项转入公司账户，并经会计师事务所验资盖章。在A公司将60%的股权全部转让给B公司的过程中，作为股东应该履行自己的法定义务，即向A公司缴纳78万元的出资；而A公司在收到B公司的股权转让款后，也应该依法将这笔资金用于公司生产经营，而不是随意挥霍。
根据税法有关规定，企业实际发生的合理支出，准予税前扣除。A公司支付35万元的中介服务费，是合理的实际支出，可以作为财务费用计入账目，在计算应纳税所得额时予以扣除。 至于A公司因接收B公司40%的股权应支付的12.5万元的税金，从税收规定来看，属于企业正常的经营成本，在计算企业所得税时也可以据实扣除。对于张会计提出的问题，其实是一个纳税筹划的问题。因为按照税收相关规定，如果是个人通过有限合伙企业投资到被收购的公司的话，是可以享受核定征收政策的，这样个人就可以少缴税了。
裴悠斐优质答主企业合并要交增值税、企业所得税、营业税、契税、印花税。
一、增值税、企业所得税、营业税
《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）第一条对企业重组的含义及类型作出了明确界定：“企业重组，是指企业在日常生产经营活动中由于实际控制人的变化、资产隶属关系的调整或经营方针和经营策略的改变，导致生产经营和财务关系发生变更的法律行为。在企业所得税上，企业重组包括企业法律形式改变、债务重组、股权收购、资产收购、合并、分立”。
二、契税
《国家税务总局关于企业改制重组若干契税政策的通知》（财税[2008]175号）第三条就企业合并（吸收合并、新设合并）后契税的计征作出明确解释，即两个或两个以上的公司，依照法律规定、合同约定，合并为一个公司，且原投资主体存续的，对其合并后承继原企业土地、房屋权属，免征契税。除此之外的合并，其承受所灭消失企业土地、房屋权属的，照章征税。
三、印花税
《国家税务总局关于企业事业单位改制过程中有关印花税政策的通知》（财税[2003]183号）第一款明确，“企业因改制签订的产权转移书据免征印花税”，第二款明确，“企业以其部分财产和相应债务与他人组建新公司，属于企业分立中的派生分立，因此新设的公司承受该企业土地、房屋权属，其产权的转让双方免征印花税。”
